UNIVERSITAS

Memperhatikan minat alumni Madrasah Aliyah Annuqayah yang beragam, dengan satu jurusan saja belum cukup menampung minat yang beragam tersebut, maka melalui SK Ketua Umum Yayasan Annuqayah Nomor: 6/B/KPTS/YAN/1986, didirikanlah Sekolah Tinggi Ilmu Ushuluddin Annuqayah (STITA) Jurusan Pendidikan Agama Islam, yang dibuka secara resmi pada tanggal 5 September 1986 sekaligus pelaksanaan kuliah perdana, dengan jumlah mahasiswa angkatan pertama 51 orang. Sekalipun Annuqayah memiliki dua perguruan tinggi pada tahun 1986, tetapi baru pada tahun akademik 1991/1992 santri putri turut serta mengikuti program studi di Perguruan Tinggi Annuqayah dengan mahasiswa angkatan pertama 23 orang yang diterima di STITA. Keterlambatan ini hanya semata-mata karena permasalahan teknis saja. 

Setahap demi setahap melalui pembinaan yang intensif, dari segi administratif mulai ditingkatkan mutunya, baik fasilitas sarana dan prasarana yang semakin bertambah maupun tenaga edukatif, serta dibarengi dengan jumlah mahasiswa tiap tahun yang semakin meningkat, sekalipun hal ini harus melalui perjalanan yang cukup panjang akhirnya membuahkan hasil. Selanjutnya STIKA memperoleh peningkatan status dari Terdaftar menjadi Diakui pada tanggal 8 Desember 1998 dengan SK. Dirjen Bimbaga Islam Nomor: E/387/1998, dan status Terakreditasi (Disamakan) dengan peringkat Nilai "A" pada tanggal 16 Juni 2000 berdasarkan SK. BAN-PT Nomor: 008/BAN-PT/Ak-IV/VI/2000 untuk Jurusan Muamalat dan pada tanggal 7 Juli 2000 berdasarkan SK BAN-PT Nomor: 014/BAN-PT/Ak-IV/VII/2000 untuk Jurusan Pendidikan Agama Islam.

Dengan memperhatikan market signal dan harapan stake holders tersebut, maka dibentuklah sebuah Tim Perubahan Alih Status oleh Ketua STIKA dengan SK Nomor: 189/A.04/KP/II/2010, untuk mengajukan perubahan alih status dari Sekolah Tinggi Ilmu Keislaman Annuqayah (STIKA) menjadi Institut Ilmu Keislaman Annuqayah (INSTIKA) dengan rencana membuka 3 (tiga) Fakultas dengan masing-masing 2 (dua) Program Studi (Prodi). Akhirnya, harapan dan keinginan masyarakat terjawab, karena usul pengajuan Alih Status dari STIKA menjadi INSTIKA diterima oleh Kementerian Agama RI melalui Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor; Dj.I/675/2010 tentang Persetujuan Alih Status Perguruan Tinggi Agama Islam Tahun 2010, tertanggal 6 Oktober 2010. Sejak itulah STIKA berubah status menjadi INSTIKA.

Keputusan alih status inilah yang menuntut INSTIKA untuk membuka 4 Fakultas dengan beberapa program studi sebagai berikut: 1) Fakultas Syari’ah, terdiri dari dua Program Studi: Mu'amalah (MU) dan Ekonomi Syari’ah (ES), 2) Fakultas Tarbiyah, terdiri dari tiga Program Studi: Pendidikan Agama Islam (PAI), Pendidikan Bahasa Arab (PBA) dan Pendidikan Islam Anak Usia Dini (PI-AUD), 3) Fakultas Ushuluddin, dengan Program Studi: Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir (IQT), dan Tasawuf dan Psikoterapi (TP), dan 4) Fakultas dan Bisnis Islam (FEBI) dengan 2 Program Studi Perbankan Syariah (PS) dan Ekonomi Islam (ES). Bahkan kini, INSTIKA membuka Program Pascasarjana (S2) Program Studi PAI (Konsentrasi Pendidikan Kepesantrenan). Khusus Program Studi Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir (IQT), pada awalnya merupakan keinginan para masyayikh agar ada satu prodi khusus yang concern dalam bidang ilmu Al-Qur’an dan Tafsir. Keinginan tersebut disepakati oleh dewan masjlis masyayikh Annuqayah agar mengajukan program studi Tafsir Hadits, sehingga pada tanggal 09 April 2001 dikeluarkan Surat Keputusan Ketua Yayasan Annuqayah Nomor: 007/KPT/ST.03/C.IV/2001 peresmian Program Studi Tafsir Hadits (TH) di STIKA Guluk-Guluk Sumenep. Kemudian pada tanggal 08 Mei 2003, program studi in terakreditasi melalui SK. Direktorat Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam Departemen Agama RI Nomor: Dt.II.III/PP03.2/733/2003. Pogram Studi IQT, pada tahun 2013 mengajukan reakreditasi pada BAN PT dan pada tanggal 26 Oktober 2013 mendapatkan SK Akreditasi BAN PT, No: 217/SK/BAN-PT/AkXVI/S/X/2013, dengan Nilai 333, peringkat B. Namun seiring dengan dinamika dan perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi, Program Studi Tafsir Hadits (TH), berubah nama menjadi Program Studi Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir, berdasarkan SK dari BAN PT, pada tanggal 10 Juli 2015, dengan Nomor: 778/SK/BAN-PT/Akred/S/VII/2015. Program Studi Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir melakukan reakreditasi kembali pada BAN PT, dan pada tanggal 12 September 2018 mendapatkan SK Akreditasi BAN PT, dengan No: 2534/SK/BAN-PT/Akred/S/IX/2018, dengan peringkat B.

Khusus Fakultas Ushuluddin, dengan 2 program studi yang dimiliki telah terakreditasi oleh BAN PT. Program Studi Ilmu al-Qur’an dan Tafsir IQT mengajukan akreditasi dengan nilai atau peringkat akreditasi B,  Program Studi Tasawuf dan Psikoterapi (TP) mengajukan reakreditasi kedua kalinya kepada BAN-PT dengan peringkat BAIK.